因自民國103年7月1日起將H5N1、H7N9流感等新興A型亞型禽流感合併為「新型A型流感」，並歸類於第五類傳染病，因此「H5N1流感」及「H7N9流感」同時配合移除，故若欲查詢於民國103年6月30日以前該等疾病資料，請由傳染病統計資料查詢系統＞依傳染途徑分類＞空氣或飛沫傳染項下進行點選與查詢。自民國103年1月1日起將水痘變更為水痘併發症，並歸類於第四類傳染病，故若欲查詢於民國103年1月1日以前水痘資料，請由傳染病統計資料查詢系統＞依傳染途徑分類＞空氣或飛沫傳染項下進行點選與查詢。

即時疫情監視及預警系統( 全名Real-time Outbreak and Disease Surveillance System, 簡稱RODS) 透過全國約170家以上責任醫院，將急診就診之健保診斷碼等資料即時、自動傳送至本署，進一步可早期且快速地分析各類疾病或症候群的異常情形。此監視通報系統建置之目的在於希望能及早發現可能於社區中爆發的傳染病，並建立疾病的流行趨勢及流行預測。96 年本系統通報疾病項目包含類流感、腸病毒及腹瀉；而97 年至101 年除了96 年的通報項目外，另加入紅眼症乙項疾病常規監測。
資料分析方式：全台約170 家以上責任醫院藉由網際網路通報方式，每日即時傳送急診室病患的通報資料。通報資料主要欄位包含：病患相關基本資料、通報醫院代碼、入院時間、主訴、ICD-9-CM 診斷碼等。疾病管制署每週彙整分析即時疫情監視及預警系統資料，進行疫情流行趨勢研判，並彙製成統計圖於網站上公布。

(引用參考範例)
中文：傳染病統計資料查詢系統。中華民國：衛生福利部疾病管制署。民109年12月8日，取自：https://nidss.cdc.gov.tw。
英文：Taiwan National Infectious Disease Statistics System [Internet]. Taipei (Taiwan): Taiwan Centers for Disease Control; c2014 [updated 2014 Apr 13; cited 2014 Apr 15]. Available from: https://nidss.cdc.gov.tw/en/.

預警值：過去5年各週確定病例數之平均值(mean)
流行閾值：過去5年各週確定病例數之平均值(mean)+2*標準差(standard deviation)

2008年以前，週別計算方式是以每年1月1日為第1週，可使用Microsoft Excel的weeknum函數計算2008年以前每個日曆日對應的週別。
2009以後，為了與世界衛生組織(WHO)統計方式同步，週別計算改採用WHO的年週對照表，每一週皆為完整7日，每年的第1週不一定包含1月1日，2009年以後的詳細日曆日對照週別方式請參見WHO的官方網站。

完整年週對照日期請參見年週對照表，如欲查詢完整的年月或年度資料，請以年或年月方式查詢。

「傳染病統計資料查詢系統」係自動連結疾病管制署倉儲系統資料庫，其中法定傳染病統計資料每日中午自動更新1次，以於疫情記者會後即時提供最新數據；RODS及健保次級統計資料因考量統計週別日數完整性，於每週二傍晚自動更新上一週統計資料。

可以純文字編輯軟體開啟(如Notepad、Notepad++、WordPad等)或以程式介接，如您需以Excel處理資料，請於下載後，採下列方式開起資料檔即可解決
於工具欄選擇「資料」→「取得外部資料」→「從文字檔」，以逗號分隔，並將欄位如"年齡別"設定為文字方式匯入。

2009年4月中H1N1新型流感疫情爆發後，疾病管制署便與衛生福利部統計處合作，利用死亡通報網路系統每日傳送之死亡通報資料，以關鍵字「肺炎、感冒或流感」為標的，進行死因欄位搜尋，合併死因研判規則，進行每週肺炎及流感死亡數趨勢監測。資料分析方式請參閱：
吳宛真, 張啟明, 江清輝, 楊祥麟, 莊人祥. 運用死亡通報資料建立肺炎及流感死亡即時監測. 疫情報導. 2009;25(10):667–76. Available from: http://www.cdc.gov.tw/downloadfile.aspx?fid=03531D876CD55C48

2017年流行閾值說明：
1. 計算方式：以近三年(2014-16)非腸病毒流行週*之門急診就診總人次求算平均值(mean)及標準差(SD)，流行閾值定義為mean+1.64*SD (90%信賴區間上限)。
*註：連續兩週社區腸病毒陽性件數占全年腸病毒陽性總件數百分比<1.92%**的週別定義為非腸病毒流行週
**註：假設全年腸病毒陽性件數平均分布於52週，則每週陽性件數占全年陽性件數百分比之期望值為1/52=1.92%
2. 代表意義：門急診就診總人次超過流行閾值代表疫情進入流行期。

•腸病毒: 008.67, 047, 047.0, 047.1, 048, 074, 074.0, 074.1, 074.2, 074.20, 074.21, 074.22, 074.23, 074.3, 074.8, 079.1, 079.2
•泡疹性咽峽炎: 074.0
•手、足及口病: 074.3
•紅眼症: 077, 077.0, 077.1, 077.2, 077.3, 077.4, 077.8, 077.9, 370.4, 370.40, 372, 372.0, 372.00, 372.71, 372.72
•類流感(RODS類流感): 003.22, 010, 010.0, 010.00, 010.01, 010.02, 010.03, 010.04, 010.05, 010.06, 010.1, 010.10, 010.11, 010.12, 010.13, 010.14, 010.15, 010.16, 010.8, 010.80, 010.81, 010.82, 010.83, 010.84, 010.85, 010.86, 010.9, 010.90, 010.91, 010.92, 010.93, 010.94, 010.95, 010.96, 011, 011.0, 011.00, 011.01, 011.02, 011.03, 011.04, 011.05, 011.06, 011.1, 011.10, 011.11, 011.12, 011.13, 011.14, 011.15, 011.16, 011.2, 011.20, 011.21, 011.22, 011.23, 011.24, 011.25, 011.26, 011.3, 011.30, 011.31, 011.32, 011.33, 011.34, 011.35, 011.36, 011.4, 011.40, 011.41, 011.42, 011.43, 011.44, 011.45, 011.46, 011.5, 011.50, 011.51, 011.52, 011.53, 011.54, 011.55, 011.56, 011.6, 011.60, 011.61, 011.62, 011.63, 011.64, 011.65, 011.66, 011.7, 011.70, 011.71, 011.72, 011.73, 011.74, 011.75, 011.76, 011.8, 011.80, 011.81, 011.82, 011.83, 011.84, 011.85, 011.86, 011.9, 011.90, 011.91, 011.92, 011.93, 011.94, 011.95, 011.96, 020, 020.3, 020.4, 020.5, 020.9, 021.2, 022, 022.1, 024, 025, 032, 032.0, 032.1, 032.2, 032.3, 032.89, 033, 033.0, 033.1, 033.8, 033.9, 034, 034.0, 052.1, 055.1, 073, 073.0, 074.1, 079, 079.8, 079.81, 079.88, 079.89, 079.9, 079.98, 079.99, 083.0, 112.4, 114.0, 114.9, 115, 115.0, 115.00, 115.05, 115.15, 115.9, 115.90, 115.95, 130.4, 136.3, 460, 462, 463, 464, 464.0, 464.1, 464.10, 464.11, 464.2, 464.20, 464.21, 464.3, 464.30, 464.31, 464.4, 465, 465.0, 465.8, 465.9, 466, 466.0, 466.1, 466.11, 466.19, 480, 480.0, 480.1, 480.2, 480.8, 480.9, 481, 482, 482.0, 482.1, 482.2, 482.3, 482.30, 482.31, 482.32, 482.39, 482.4, 482.40, 482.41, 482.49, 482.8, 482.81, 482.82, 482.83, 482.84, 482.89, 482.9, 483, 483.0, 483.1, 483.8, 484, 484.1, 484.3, 484.5, 484.6, 484.7, 484.8, 485, 486, 487, 487.0, 487.1, 490, 491, 491.0, 491.1, 491.20, 491.21, 491.8, 491.9, 507, 507.0, 507.1, 507.8, 511, 511.0, 511.1, 511.8, 511.9, 513, 513.0, 513.1, 518, 518.0, 518.4, 518.8, 518.81, 518.82, 518.84, 518.89, 519.2, 784.1, 786.0, 786.00, 786.05, 786.06, 786.07, 786.09, 786.1, 786.2, 786.52, 795.31, V01.81
或參閱 Chapman et al, Generating a Reliable Reference Standard Set for Syndromic Case Classification, J Am Med Inform Assoc. 2005 Nov-Dec;12(6):618-29. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1294033/bin/jamia_M1841_1.pdf

•急性腹瀉: 001, 001.0, 001.1, 001.9, 002, 002.0, 002.1, 002.2, 002.3, 002.9, 003, 003.0, 003.1, 003.2, 003.20, 003.21, 003.22, 003.23, 003.24, 003.29, 003.8, 003.9, 004, 004.0, 004.1, 004.2, 004.3, 004.8, 004.9, 005.0, 005.1, 005.2, 005.3, 005.4, 005.8, 005.81, 005.89, 005.9, 006, 006.0, 006.2, 006.9, 007, 007.0, 007.1, 007.2, 007.3, 007.4, 007.5, 007.8, 007.9, 008, 008.0, 008.00, 008.01, 008.02, 008.03, 008.04, 008.09, 008.1, 008.2, 008.3, 008.4, 008.41, 008.42, 008.43, 008.44, 008.45, 008.46, 008.47, 008.49, 008.5, 008.6, 008.61, 008.62, 008.63, 008.64, 008.65, 008.66, 008.67, 008.69, 008.8, 009, 009.0, 009.1, 009.2, 009.3, 558, 558.9, 787.91, 988

疾病別		ICD-9代碼	ICD-10代碼
腸病毒	手,足及口病	074.3	B08.4
	疱疹性咽峽炎	074.0	B08.5
類流感	其他肺炎	480	J12-
		481	J13-
		482	J14-
			J15-
		483	J16-
		484	B25-
			A37-
			A22-
			B44-
			J17-
		485
		486	J18-
	流感及其所致肺炎	487	J09-
			J10-
			J11-
急性上呼吸道感染		465.9	J06.9
腹瀉		009.0	A08-
			A09-
		558.9	K52-
		787	R19.7
猩紅熱		034.1	A38-
水痘		052-	B01-